Las primeras noticias del hospital se remontan al siglo XIV, si bien su gran impulso se produjo en el siglo XVIII gracias a la donación del franciscano terciario Antonio Alonso Bermejo. A partir de aquí se construirán las dependencias tal y como las conocemos hoy, principalmente la iglesia, donde destaca el retablo mayor -obra de Alejandro Carnicero- con una magnífica talla del arcángel san Miguel.
Asimismo, cabe señalar algunos retablos de cofradías navarresas, cuyas figuras se han trasladado a la parroquia por motivos de seguridad ante el mal estado de la cubierta. Los autores de las tallas (Churriguera, Luis S. Carmona, etc.) no vienen sino a corroborar la importancia del hospital.
Los departamentos propiamente hospitalarios se han restaurado recientemente para ubicar el actual consultorio médico.